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Agora falarei em uma situação geral de "instalar um novo computador", ou seja, dicas sobre particionamento de discos e instalação do Windows. Irei considerar que seu micro fisicamente está montado e funcionando a contento, pois vou descrever a parte de instalação e configuração. Como há vários destinos para seu computador, tentarei explicar genericamente. Vou assumir que você está com um HD novo ou então com um HD que queria zerar. Ou seja, exemplos de particionamento de HD para novas instalações.
Uma das coisas mais fundamentais que considero é particionar o HD. Sim, ter somente a unidade "C" é prático, mas nada recomendado em termos organizacionais e funcionais. Crie tantas partições ache necessário, divida os dados. Eu, por exemplo, tenho 2 HDs, divididos em unidades de C até H. Mas o número de partições depende do tamanho de seu(s) HD(s). A principal dica de todas: a unidade C é apenas para o Windows, única e exclusivamente! Sempre instale programas e dados em outras unidades. O Windows trabalha melhor assim e, numa eventual perda do Windows (unidade C) os dados estarão a salvos e você poderá formatar o C apenas e reinstalar o Windows, sem se preocupar em perder os dados.
Se você for instalar Windows XP, 10 Gbytes na unidade C está bom. Windows Vista ou superior, de 20 a 30 gigas, depende. Mas isso fará com que você nunca instale os programas no padrão "C: Arquivos de Programas". Alguns programas são chatos e não permitem escolher o local de instalação, mas são casos raros. A unidade D será a de programas instalados. O espaço varia de acordo com o número de programas que você usa. Se tiver jogos, que copia o DVD inteiro pro HD, ai complica, tente estimar bastante espaço para ele. Na unidade E, você deixará seus dados, aquilo que criou, que deverá ser backupeado. Com essa idéia, um backup a ser feito fica bem mais fácil. Essa unidade deve ter o tamanho que você ache necessário, depende de cada um. Você pode colocar o restante inteiro do HD, se preferir por ser mais fácil. Se você tiver bastante HD, divida em várias partes. Minha sugestão é deixar a unidade E para documentos, planilhas, emails, fotos, coisas mais "essenciais". Deixe as outras unidades (F, G, etc) para dados não tão fundamentais e mais pesados, como MP3s, vídeos. Se você tem um HD só, pode criar uma partição de alguns gigas só para backup, embora é importante que o backup seja feito em outro HD físico, como disse anteriormente.
Outra dica mais avançada é ter uma unidade de uns 10 gigas formatada com FAT32, de preferência a última unidade do disco físico. Sim, parece estranho, mas a FAT32 tem a vantagem de ser muito mais rápida do que o NTFS, por exemplo. Mas para que esta unidade? Para fazer o Windows gravar apenas o "swap file", ou seja, o arquivo de trocas (pagefile), os arquivos temporários (Temp) e o cache do navegador. Como o sistema de arquivos é mais simples, o Windows gasta menos tempo para ler e gravar, e isso acelera estes 3 elementos que são muito usados. Se tiver outro HD, coloque estes no HD secundário, até porque força menos o HD principal, já que estes elementos usam o HD intensamente, e você poupa o tempo de vida útil do HD mais importante. Estar em outro HD também otimiza o tempo de "seek" das cabeças de gravação, já que a máquina pode ler o Windows em um HD e gravar arquivos temporário dele usando outra estrutura física, fazendo coisas em paralelo. Um detalhe: para trocar o local do "swap file", dê um botão direito no Meu Computador, Propriedades, aba Avançado, em Performance, pasta Avançado, clique no botão Alterar no final (memória virtual), desative o "page file" do drive C (default) e coloque na outra unidade. Para alterar o caminho do cache do navegar, use as opções fornecidas pelo próprio navegador. Para trocar o local dos arquivos temporários, faça também pelas propriedades do Meu Computador, naquela pasta "Avançado" só que clicando no botão "variáveis de ambiente". Bem, para esses passos precisa algum conhecimento intermediário de Windows.
Prefira particionar as unidades na tela de instalação do Windows. Você pode criar todas as divisões por ali mesmo, embora pelo programa de instalação só irá formatar a que vai instalar o Windows mesmo (C). Saber criar cada unidade lógica, em um ou mais HDs, definir a quantidade de gigabytes para cada uma e escolher o melhor tipo de sistema de arquivos para cada uma é o primeiro passo para manter seu Windows estável. Como tudo feito com detalhamento, leva tempo pois não usa nenhuma configuração padrão. Mas a performance do seu micro, que você usará por muito tempo, será melhor então vale a pena.